Hoe maakt jullie project de wetenschap concreet meer open of toegankelijk dan voorheen? 
PhD student aan het Amsterdam UMC Rodrigo Garcia Valiente: “Ons project maakt wetenschap meer open door geavanceerde immuunrepertoire-analyse om te zetten in een open-source, codevrije workflow die volledige computationele transparantie behoudt. AbSolution stelt niet-programmeurs in staat om complexe immuundata interactief te verkennen, terwijl data, code, parameters, software-omgevingen, systeeminformatie, figuren, rapporten en notities worden vastgelegd in een zelfstandig ENCORE-compendium dat anderen kunnen inzien, opnieuw kunnen draaien en reproduceren. Nog belangrijker: het biedt een proof-of-concept dat verder gaat dan de immunologie, voor reproduceerbare interactieve wetenschap in uiteenlopende data-intensieve disciplines.” 

Wie wordt dankzij dit project bereikt of gehoord, terwijl diegene voorheen buiten beeld bleef? 
“Het bereikt onderzoekers die immunologische data genereren of interpreteren, maar vaak geen toegewijde bio-informatica-ondersteuning hebben: clinici, immunologen, experimentele wetenschappers en studenten. Door barrières op het gebied van programmeren en infrastructuur te verlagen, terwijl de standaarden van reproduceerbaarheid hoog blijven, helpt het project deze gebruikers om zelfstandiger deel te nemen aan computationele immunologie en maakt het hun analytische keuzes beter zichtbaar en deelbaar. Ons doel is om interactiviteit, toegankelijkheid en reproduceerbaarheid samen te brengen.” 

Wat was de grootste uitdaging waar je mee te maken kreeg, en hoe hebben jij/jullie die aangepakt? 
“De grootste uitdaging was het verenigen van de flexibiliteit van interactieve analyses met de striktheid van reproduceerbare gescripte workflows. Gebruikerskeuzes, parameters en reactieve stappen zijn normaal gesproken moeilijk volledig vast te leggen. We hebben dit aangepakt door dynamische vastlegging van beslissingen te integreren, gecontroleerde software-omgevingen te gebruiken en ENCORE in te zetten, ons discipline-onafhankelijke framework voor reproduceerbaarheid. Tot slot hebben we de geëxporteerde workflow laten valideren via een onafhankelijke CODECHECK-review.” 

Als andere onderzoekers morgen één ding uit jullie project zouden overnemen, wat zou dat dan moeten zijn? 
“Ga ervoor en durf toegankelijkheid en reproduceerbaarheid samen te bouwen! 
Maar denk er vanaf het begin goed over na, niet pas achteraf. Elke klik, parameter, dataset, softwareversie en notitie die een resultaat beïnvloedt, zou moeten worden vastgelegd in een gestructureerde, deelbare export, zodat interactieve verkenning door wie dan ook kan uitgroeien tot reproduceerbare wetenschap voor iedereen. En natuurlijk: voel je vrij om onze aanpak te volgen.  Het is de moeite waard!” 

Open science is een gemeenschappelijke inspanning, achter dit project staat een team Rodrigo Garcia Valiente doet dit samen met: Charisios Triantafyllou, Barbera van Schaik, Aldo Jongejan, Samuel Langton, Sabrina Pollastro, Dornatien Anang, Jeroen Guikema, Niek de Vries, Huub Hoefsloot & Antoine van Kampen (Amsterdam UMC, Bioinformatics Laboratory, Epidemiology and Data Science)