Bibliotheek

Zoeken in CatalogusPlus

BioCyc Database Collection voor een maand op proef

Genomen en metabole routes

5 maart 2018

Van 15 maart tot 15 april zijn de BioCyc databases op proef toegankelijk voor studenten en wetenschappers van de Universiteit van Amsterdam.

De verzameling Pathway / Genome Databases (PGDB's) van BioCyc bevat verwijzingen naar de genomen en metabole routes van duizenden organismen waarvan een gensequentie is bepaald. De PGDB's worden gegenereerd door software die de metabole routes voorspelt en ook voorspelt welke genen coderen voor ontbrekende enzymen in metabole routes. BioCyc neemt informatie op uit andere bioinformatica-databases, zoals UniProt. BioCyc biedt een reeks softwaretools voor zoeken en visualiseren van databases, voor data-analyse en voor vergelijkende genomics.
Op basis van de handmatige curatie is de BioCyc-databasefamilie opgedeeld in drie 'tiers':

  • Tier 1: PGDB's die intensieve handmatige curatie ontvangen en regelmatig worden bijgewerkt op basis van literatuur. Deze zijn het meest nauwkeurig. Momenteel zijn er zeven databases in tier 1.
  • Tier 2: PGDB's werden computationeel gegenereerd door het PathoLogic-programma maar die een bescheiden handmatige curatie hebben ontvangen. Voor 43 verschillende organismen zijn er momenteel databases in tier 2.
  • Tier 3: PGDB's werden computationeel gegenereerd door PathoLogic en hebben geen handmatige curatie ontvangen.

Financieringsbronnen:
De ontwikkeling van BioCyc wordt gefinancierd door NIH-subsidie ​​GM080746 van het NIH National Institute of General Medical Sciences.

Voor meer informatie en feedback over het gebruik kun je mailen naar: gmeerburg@uva.nl.

Gepubliceerd door  Bibliotheek van de UvA